En el marco de sus objetivos y funciones, en el año 2006 la CPM comenzó a registrar los juicios penales a los responsables de delitos de lesa humanidad perpetrados en el territorio de la provincia de Buenos Aires (Argentina) durante el período de la última dictadura militar (1976-1983). La decisión de registrar estos juicios fue afianzar un concepto amplio del principio de publicidad, promover su difusión y conformar un archivo audiovisual que pueda ser de acceso público.
La CPM se comprometió a partir de entonces a preservar el registro, estimular la consulta para la investigación, la divulgación y la producción audiovisual y garantizar el tratamiento y uso de la información de los testimonios de las víctimas.

Al año 2023 fueron registrados 22 juicios: Etchecolatz (2006); Von Wernich (2007); Unidad 9 (2010); Suárez Nelson Corvalán, (2010); Desaparición de Carlos Moreno (2012); Circuito Camps (2011/2012); Apropiación de Sebastián Casado Tasca (2012); Hermanos Iaccarino (2013); Apropiación de Elena Gallinari Abinet (2013); Policías bonaerenses de Junín (2014/ 2015); FUERTAR 5 (2015); Asesinato de Favero y Álvarez (2016); CNU (2017); La Cacha (2013/2014); Lucio Ramírez (2016); Operativos Policía Federal (2016); La Cueva I Mar del Plata (2011/2012); Brigada de San Justo (2018/2020); Batallón 601 (2019); Banfield, Quilmes y Lanús (2020-2023); Pozo de Arana (2022); Hogar de Belén (2023).

En relación a las características de la documentación “Prefectura” cabe señalar que predomina una organización por tipos documentales (ejemplo: memos) que varían ampliamente en las temáticas y son escasos los informes temáticos.
La mayoría de la documentación pertenece al archivo administrativo de la Sección Informaciones, aunque se encuentran tres carpetas que corresponden a la Sección Investigaciones de esta Zona. Se hallan las comunicaciones establecidas entre esta sección (o de las distintas dependencias de la Prefectura Naval Argentina) con la comunidad informativa o con otras instituciones, incluso de la esfera privada.
Las comunicaciones recibidas son de carácter original. Las comunicaciones emitidas son copias pero en su gran mayoría cuentan con sellos y firmas originales.
En relación al ámbito de competencia, prefectura de Zona Mar Argentino Norte: en su jurisdicción se encuentran las prefecturas de Mar del Plata, Bahía Blanca, Patagones, Quequén (todas en la Provincia de Buenos Aires), Puerto Madryn, Rawson, San Antonio Oeste, Punta Colorada. Su sede se halla en Bahía Blanca y la extensión de su jurisdicción comprende las costas y el mar Argentino en las provincias de Buenos Aires (excepto zona norte), Río Negro y Chubut (parte norte).

El fondo está conformado mayoritariamente por legajos personales, historias clínicas y en menor medida, libros, fichas y documentación administrativa variada de todas las unidades penitenciarias provinciales en territorio bonaerense.
Los legajos personales fueron elaborados por cada unidad carcelaria en el desarrollo de sus procedimientos administrativos. Poseen características comunes pese a pequeñas variaciones propias de cada Unidad. Todos los legajos poseen número de orden, indican procedencia y destino del detenido; causa de detención y situación procesal, fotografías prontuariales, negativos, huellas digitales, fichas criminológicas, fichas de visitas y correspondencia interna. En muchos casos, también se archivaba correspondencia del detenido/a.
Si bien los legajos se confeccionaban en las UP, en algunos casos el detenido/a era traslado a otra UP con su legajo personal. En este sentido, el fondo posee 7 legajos con carátula de la UP6 de Dolores pero continuaron conformándose en la UP8 de Olmos.
Como señala Yamila Balbuena en relación al procedimiento administrativo (…) cada preso político ingresa al penal remitido por una estructura y una persona. Puede venir de una unidad carcelaria, de una comisaría, o de un establecimiento militar.
Las historias clínicas eran elaboradas por las unidades penitenciaras que contaban con servicios sanitarios más complejos, por lo que algunos detenidos eran trasladados a esas unidades para realizarse estudios e internaciones.
Las historias clínicas -producto también de procedimientos administrativos habituales- poseen un número de orden (a veces la carátula lleva más de un número), ficha médica desde el ingreso hasta el egreso, placas radiográficas y/o estudios varios, médico/a responsable -que consta en la carátula- y en el interior pueden encontrarse otras firmas de los profesionales que intervinieron.
Los libros son mayoritariamente de la UP4 Bahía Blanca, y otros elaborados por la UP6 de Dolores, la UP8 de Olmos y la UP9 de La Plata. Hay libros de registro de correspondencia, de novedades de la guardia, de entrada y salida de expedientes, de sanciones, entre otros.
Las fichas pertenecen a la UP4 de Bahía Blanca. Están organizadas por año y contienen nombre y apellido, número de ficha, fecha de ingreso, causa de detención, juzgado a cargo, sentencias, registro de visitas y huellas dactilares. Algunas poseen fotografías.
A partir del análisis de los datos que figuran en las fichas es posible deducir que gran parte de las mismas refieren a detenidos por causas “comunes”. Sólo las fichas de tamaño más grande parecerían pertenecer a presos a Disposición del Poder Ejecutivo Nacional.
La totalidad de la documentación secuestrada se encuentra clasificada por Secciones (correspondiente a cada Unidad Penitenciaria) y dividida en series al interior de cada UP (legajos, historias clínicas, fichas, etc.). El orden de los documentos en cada serie fue dado por la SDH, asociado al modo y a las características de la selección documental. Sin embargo, el orden original de creación de las series documentales en cada Unidad Penitenciaria ha sido por número de orden en la mayoría de los casos.
Las fechas extremas de la documentación son 1956-1984, con preponderancia 1974-1984, vinculados a los presos de la última dictadura militar. Sólo 174 legajos pertenecen a presos políticos detenidos entre 1955 y 1956, la mayoría por infracción al decreto 4161.