En relación a las características de la documentación “Prefectura” cabe señalar que predomina una organización por tipos documentales (ejemplo: memos) que varían ampliamente en las temáticas y son escasos los informes temáticos.
La mayoría de la documentación pertenece al archivo administrativo de la Sección Informaciones, aunque se encuentran tres carpetas que corresponden a la Sección Investigaciones de esta Zona. Se hallan las comunicaciones establecidas entre esta sección (o de las distintas dependencias de la Prefectura Naval Argentina) con la comunidad informativa o con otras instituciones, incluso de la esfera privada.
Las comunicaciones recibidas son de carácter original. Las comunicaciones emitidas son copias pero en su gran mayoría cuentan con sellos y firmas originales.
En relación al ámbito de competencia, prefectura de Zona Mar Argentino Norte: en su jurisdicción se encuentran las prefecturas de Mar del Plata, Bahía Blanca, Patagones, Quequén (todas en la Provincia de Buenos Aires), Puerto Madryn, Rawson, San Antonio Oeste, Punta Colorada. Su sede se halla en Bahía Blanca y la extensión de su jurisdicción comprende las costas y el mar Argentino en las provincias de Buenos Aires (excepto zona norte), Río Negro y Chubut (parte norte).

En el marco de sus objetivos y funciones, en el año 2006 la CPM comenzó a registrar los juicios penales a los responsables de delitos de lesa humanidad perpetrados en el territorio de la provincia de Buenos Aires (Argentina) durante el período de la última dictadura militar (1976-1983). La decisión de registrar estos juicios fue afianzar un concepto amplio del principio de publicidad, promover su difusión y conformar un archivo audiovisual que pueda ser de acceso público.
La CPM se comprometió a partir de entonces a preservar el registro, estimular la consulta para la investigación, la divulgación y la producción audiovisual y garantizar el tratamiento y uso de la información de los testimonios de las víctimas.

Al año 2023 fueron registrados 22 juicios: Etchecolatz (2006); Von Wernich (2007); Unidad 9 (2010); Suárez Nelson Corvalán, (2010); Desaparición de Carlos Moreno (2012); Circuito Camps (2011/2012); Apropiación de Sebastián Casado Tasca (2012); Hermanos Iaccarino (2013); Apropiación de Elena Gallinari Abinet (2013); Policías bonaerenses de Junín (2014/ 2015); FUERTAR 5 (2015); Asesinato de Favero y Álvarez (2016); CNU (2017); La Cacha (2013/2014); Lucio Ramírez (2016); Operativos Policía Federal (2016); La Cueva I Mar del Plata (2011/2012); Brigada de San Justo (2018/2020); Batallón 601 (2019); Banfield, Quilmes y Lanús (2020-2023); Pozo de Arana (2022); Hogar de Belén (2023).

El registro de los juicios por violencia institucional - en los que están involucrados agentes policiales y/o del Servicio Penitenciario bonaerense- ha sido tomado de manera irregular por la CPM, ya que muchas veces los tribunales penales no autorizan el registro de los mismos, o sólo en forma parcial. A diferencia del registro de los juicios por delitos de lesa humanidad, sólo algunos por violencia institucional están registrados completos.

El procedimiento administrativo lo inicia la División San Nicolás al solicitarle a SIPBA antecedentes de Alfredo Omar Busch, trabajador de una siderúrgica. El objetivo final era detectar si funcionaba como correo comunista entre Argentina y organizaciones de Brasil. Finalmente no hallaron pruebas de sus presuntas actividades, sino que solamente lo sindicaron como cuadro intelectual.

El legajo consiste en una nómina de personas vinculadas con los movimientos peronista, trotskista y comunista. Contiene noticias de medios y recolección de antecedentes de los investigados.

Ante el pedido de refugio político en la Embajada argentina en Chile por parte de Tomás Buch, se realiza búsqueda de antecedentes políticos e ideológicos.