En el marco de sus objetivos y funciones, en el año 2006 la CPM comenzó a registrar los juicios penales a los responsables de delitos de lesa humanidad perpetrados en el territorio de la provincia de Buenos Aires (Argentina) durante el período de la última dictadura militar (1976-1983). La decisión de registrar estos juicios fue afianzar un concepto amplio del principio de publicidad, promover su difusión y conformar un archivo audiovisual que pueda ser de acceso público.
La CPM se comprometió a partir de entonces a preservar el registro, estimular la consulta para la investigación, la divulgación y la producción audiovisual y garantizar el tratamiento y uso de la información de los testimonios de las víctimas.

Al año 2023 fueron registrados 22 juicios: Etchecolatz (2006); Von Wernich (2007); Unidad 9 (2010); Suárez Nelson Corvalán, (2010); Desaparición de Carlos Moreno (2012); Circuito Camps (2011/2012); Apropiación de Sebastián Casado Tasca (2012); Hermanos Iaccarino (2013); Apropiación de Elena Gallinari Abinet (2013); Policías bonaerenses de Junín (2014/ 2015); FUERTAR 5 (2015); Asesinato de Favero y Álvarez (2016); CNU (2017); La Cacha (2013/2014); Lucio Ramírez (2016); Operativos Policía Federal (2016); La Cueva I Mar del Plata (2011/2012); Brigada de San Justo (2018/2020); Batallón 601 (2019); Banfield, Quilmes y Lanús (2020-2023); Pozo de Arana (2022); Hogar de Belén (2023).

El registro de los juicios por violencia institucional - en los que están involucrados agentes policiales y/o del Servicio Penitenciario bonaerense- ha sido tomado de manera irregular por la CPM, ya que muchas veces los tribunales penales no autorizan el registro de los mismos, o sólo en forma parcial. A diferencia del registro de los juicios por delitos de lesa humanidad, sólo algunos por violencia institucional están registrados completos.

La mayor parte de la documentación del fondo es la que pertenece a la División Central Registro y Archivo, cuyas fechas extremas son 1937-1998. Esta documentación era producida en gran medida en las delegaciones que la DIPPBA tenía en las distintas localidades de la provincia de Buenos Aires. Estas la clasificaban a partir de “factores” y luego la remitían a la DIPPBA Central, donde la información se reunía, procesaba y clasificaba para su utilización, dividida en “mesas de trabajo”. Las Mesas con mayor documentación son: Mesa A (factores estudiantil, político y comunal), Mesa B (factores gremial y económico), Mesa C (comunismo), Mesa DS (delincuente subversivo), Mesa Referencia, Mesa De (factores religioso y social).
Un fichero onomástico con 217 mil fichas es la puerta de entrada para la localización de la documentación.
Los tipos documentales más frecuentes que se encuentran al interior de los legajos (principal unidad documental) son: informes de inteligencia; memos -que reflejan la comunicación entre los distintos organismos de inteligencia-; fichas- personales o temáticas; fotografías y recortes periodísticos, entre otros. Por otro lado, existe una gran variedad de tipos documentales generados por los diversos “sujetos vigilados” y que fueron objeto de secuestro o “sustracción” de parte de alguna de las fuerzas: panfletos, volantes, fotografías, entre otros.
La documentación producida por la División Medios de comunicación social está en diversos soportes de audio, video y papel.

Informe sobre los allanamientos efectuados por la Policía Bonaerense a un local provincial de la Unión de Mujeres Argentinas el 12 de septiembre de 1956. Como consecuencia del procedimiento se secuestró gran cantidad de material considerado "de propaganda".
La totalidad de las fotografías pueden ser consultadas en sala. https://www.comisionporlamemoria.org/archivo/consultas/

Informe sobre el procedimiento realizado a fines de septiembre de 1958 en la "escuela internacional de estudios superiores marxistas leninistas" del Partido Comunista llamada Aurora. El legajo posee, además, recortes de la cobertura en medios del hecho, nóminas de detenidos, documentación de la institución y una descripción catastral pormenorizada del local.
La totalidad de las fotografías pueden ser consultadas en sala. https://www.comisionporlamemoria.org/archivo/consultas/