Desde el año 2002, la CPM monitorea e interviene por las condiciones de las personas privadas de libertad en diferentes lugares de encierro. Cárceles, comisarías, hospitales psiquiátricos, institutos de menores, comunidades terapéuticas, hogares y hospitales especializados en discapacidad, geriátricos y alcaidías han sido inspeccionadas a lo largo de más de 20 años. También monitorea la violencia policial desplegada en los territorios. Más tarde se sumó el monitoreo de la represión a la protesta social, y el seguimiento de casos de corrupción policial y penitenciaria. Desde el año 2019 actúa como Mecanismo Local de prevención de la tortura. Las series documentales que se generan a partir de estas funciones están conformadas por los registros de las condiciones de personas privadas de libertad, el seguimiento de casos, el análisis de los datos relevados que producen a través de sus actividades los distintos programas de trabajo (recepción de denuncias, inspecciones, producción y análisis de la información, intervenciones complejas y colectivas, monitoreo territorial de la violencia policial, litigio estratégico, salud mental, promoción y protección de derechos de niños, niñas y adolescentes, y control de corrupción e inteligencia ilegal). Está subdividido en subsecciones:
• Monitoreo y registro
• Intervenciones y representación judicial
• Informes y publicaciones
• Protocolos, instructivos y manuales de procedimiento.