Los documentos que conforman el Archivo histórico Institucional de la CPM son producto de las diferentes actividades que la Comisión ha desarrollado a lo largo del tiempo. Además de documentos administrativos, se generan series documentales sustantivas relacionadas con las funciones centrales de la CPM: desde el registro audiovisual de los juicios por delitos de lesa humanidad y violencia institucional en democracia, registros de historia oral, pronunciamientos de la CPM, hasta registros que dan cuenta de la situación de las personas privadas de libertad. En sus más de 25 años de historia, la CPM fue creciendo y abriendo nuevas áreas y líneas de trabajo, además de incorporar la gestión de distintos sitios de memoria en el territorio bonaerense. Esto generó cambios en su organigrama, por la fusión, creación o eliminación de algunos programas de trabajo. Muchas de las series sustantivas del fondo documental fueron generadas por distintos programas a lo largo del tiempo. Por este motivo, las series documentales de la CPM están plasmadas en un cuadro de clasificación funcional, que permite presentar la producción fundamental de la institución a partir de sus funciones esenciales.
Los documentos más antiguos del archivo institucional corresponden a los primeros años de la CPM, aún antes de ser creada por ley en el año 2000. Hay documentos escritos a mano, borradores, y distintas versiones de los primeros documentos públicos. Gran parte del fondo está compuesto por materiales de difusión como folletos, revistas, publicaciones, afiches, etc. Otra parte de la documentación corresponde a registros fotográficos y audiovisuales.