El registro de los juicios por violencia institucional - en los que están involucrados agentes policiales y/o del Servicio Penitenciario bonaerense- ha sido tomado de manera irregular por la CPM, ya que muchas veces los tribunales penales no autorizan el registro de los mismos, o sólo en forma parcial. A diferencia del registro de los juicios por delitos de lesa humanidad, sólo algunos por violencia institucional están registrados completos.

En el marco de sus objetivos y funciones, en el año 2006 la CPM comenzó a registrar los juicios penales a los responsables de delitos de lesa humanidad perpetrados en el territorio de la provincia de Buenos Aires (Argentina) durante el período de la última dictadura militar (1976-1983). La decisión de registrar estos juicios fue afianzar un concepto amplio del principio de publicidad, promover su difusión y conformar un archivo audiovisual que pueda ser de acceso público.
La CPM se comprometió a partir de entonces a preservar el registro, estimular la consulta para la investigación, la divulgación y la producción audiovisual y garantizar el tratamiento y uso de la información de los testimonios de las víctimas.

Al año 2023 fueron registrados 22 juicios: Etchecolatz (2006); Von Wernich (2007); Unidad 9 (2010); Suárez Nelson Corvalán, (2010); Desaparición de Carlos Moreno (2012); Circuito Camps (2011/2012); Apropiación de Sebastián Casado Tasca (2012); Hermanos Iaccarino (2013); Apropiación de Elena Gallinari Abinet (2013); Policías bonaerenses de Junín (2014/ 2015); FUERTAR 5 (2015); Asesinato de Favero y Álvarez (2016); CNU (2017); La Cacha (2013/2014); Lucio Ramírez (2016); Operativos Policía Federal (2016); La Cueva I Mar del Plata (2011/2012); Brigada de San Justo (2018/2020); Batallón 601 (2019); Banfield, Quilmes y Lanús (2020-2023); Pozo de Arana (2022); Hogar de Belén (2023).