La CPM está presidida por un cuerpo colegiado de miembros, con autoridades. Posee una Mesa Ejecutiva y está dividida en dos grandes direcciones: la dirección administrativa y la dirección de áreas de trabajo. la dirección de áreas está dividida en: Mecanismo local de prevención de tortura (subdividido en las sub áreas: comité contra la tortura y Seguridad democrática, de las cuales dependen los programas: recepción de denuncias, inspecciones en lugares de encierro y producción de análisis de información de la primera área, y de la segunda justicia y seguridad democrática, litigio estratégico, salud mental, promoción y protección de derechos de niñas, niños y adolescentes y control de corrupción) ; Educación, investigación y archivo, de la cual dependen los programas: gestión y preservación de archivos, justicia por delitos de lesa humanidad, apoyo a los juicios por delitos de lesa humanidad, Investigación y sitios y Jóvenes y Memoria. Y del área de Comunicación y Cultura, dependen los programas de trabajo Comunicación y Prensa, Museo de Arte y Memoria y Agencia Andar.
La Comisión por la Memoria (CPM) es un organismo público autónomo y autárquico que promueve e implementa políticas públicas de memoria y derechos humanos. Sus objetivos y líneas de trabajo expresan el compromiso con la memoria del terrorismo de Estado y la promoción y defensa de los derechos humanos en democracia. Desde sus inicios, generó instancias de encuentro entre el estado y la sociedad civil, desplegando acciones en todo el territorio de la provincia y luego en todo el país. Partió de la premisa de considerar a la memoria como un campo plural en permanente conflicto y bregó por la transmisión y apropiación de una memoria ejemplar que iluminara la lucha por los derechos humanos en el presente. En este sentido, las premisas básicas de autonomía y autarquía, plasmadas en sus leyes de creación, son inspiración permanente de las acciones institucionales y políticas que ha venido impulsando la CPM a lo largo de estos años. Por tratarse de una experiencia pionera en el país, el modelo institucional que le dio origen sirvió de referencia para la creación de comisiones en otras provincias del territorio nacional.